Každé mračno bodů, které je výstupem ze skenovacích zařízení, má určitý šum. Šum mračna bodů si lze představit jako odchýlení bodů od pomyslné ideální rovné linie, jež měla být naskenována. Typický případ šumu mračna bodů lze nalézt při pohledu na naskenovaný řez rovnou stěnou. Body zde netvoří jednu rovnou linii, ale nacházejí se v nejbližším okolí (tj. před i za linií) po celé její délce. Přesnou polohu skenovaného objektu získáme, teprve když skrze tento shluk bodů proložíme rovnou linii. Šum mračna bodů vzniká kombinací nejrůznějších vlivů (patří sem úhlová přesnost skenovacího zařízení, přesnost dálkoměru skenovacího zařízení, materiál a barva skenovaného povrchu, vzdálenost skenovaného objektu, vibrace při skenování, povětrnostní vlivy atd.). V případě statických skenerů využívaných v geodézii je šum mračna bodů zanedbatelný, řádově dosahuje jednotek milimetrů nebo desetin milimetru. U mobilních skenerů je šum mračna bodů v řádech menších jednotek centimetrů. Oba typy skenovacích zařízení však mohou po proložení mračna bodů linií či plochou dosáhnout velmi vysokých přesností. Na výsledné zpracování výstupů nemá šum většinou téměř žádný vliv.
Šum mračna bodů lze odstranit nejrůznějšími filtry ve speciálních softwarech, jež na základě různých algoritmů vyhledávají například odlehlé body nebo body, které mají nežádoucí intenzitu odrazu. Výsledkem pak může být velice „čisté“ a pěkné mračno bodů.
